Фамилия Кононетова — редкий случай, когда основа прозрачна, а суффикс сбивает с толку. Корень здесь — Конон, каноническое крестильное имя греческого происхождения (от «конос» — конус, шишка). В святцах известно несколько раннехристианских святых с этим именем, в том числе мученик Конон Исаврийский. Казалось бы, перед нами стандартная «сыновья» фамилия: Конон → Кононов. Но вместо привычного -ов мы видим -етов.

Суффикс -етов — редкая, но не уникальная модель в русской ономастике. Чаще всего он встречается в фамилиях, образованных от уменьшительно-ласкательных или пренебрежительных форм имени: Конон → Кононето (как, например, Иван → Иванетов). То есть предка звали не просто Кононом, а Кононетой — «маленьким Кононом» или «Конончиком». Такая форма бытовала в народной среде, особенно в южнорусских и украинских говорах, где суффикс -ет(а) давал прозвище младшему или невысокому человеку.

Географически фамилия Кононетова (мужской вариант — Кононетов) тяготеет к Тамбовской, Воронежской и Рязанской областям. В XIX веке носители чаще всего были государственными крестьянами или однодворцами — потомками служилых людей, охранявших южные рубежи. Сословного барьера фамилия не пересекала: в дворянских родословных книгах она не встречается.

Есть и вторая, менее вероятная версия: отчество от прозвища Кононет, которое могло произойти от диалектного глагола «кононить» (медлить, тянуть) или от тюркского «кон» (день, стоянка). Но это уже догадки без твердой опоры на письменные источники. Основное объяснение лежит в уменьшительной форме имени Конон — просто, как и многие русские фамилии, но с нестандартным суффиксом, который и делает её запоминающейся.