Фамилия Кононогова — женская форма фамилии Кононогов, и в ней интересен не столько суффикс, сколько сама основа. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Кононогов — сын Кононога. А вот прозвище Кононог могло возникнуть двумя разными путями, и оба имеют под собой реальную почву.

Первая и самая очевидная версия: прозвище связано с конём. В русских говорах «кононог» — человек, который ходит или работает с конями, конюх, либо же тот, у кого ноги, как у коня, — длинные, худые, кривые. Прозвища по внешности и профессии были распространены повсеместно, так что человек с длинными ногами или конюх вполне мог получить такое прозвище. Вторая версия, менее прозрачная, но не менее весомая: основа могла быть сложена из двух частей — «кон» (в значении «начало, предел, граница») и «нога». В этом случае Кононог — человек, который стоит на границе, на краю, возможно, дозорный или сторож. Такие прозвища давали людям, жившим на окраине села или занимавшимся охраной рубежей.

Словообразовательная модель проста: прозвище Кононог → отчество Кононогов → фамилия Кононогова. Фамилия редкая, и её география не обширна. Встречается в основном в центральных и южных областях России, где были сильны конные традиции и развито коневодство. В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего были крестьянами или однодворцами — людьми, которые держали лошадей или работали с ними.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кононов, Конюхов, Коновалов — показывает, что Кононогова стоит особняком. Если Кононов образовано от имени Конон (греческое «трудящийся»), то Кононогова — чисто русское прозвищное образование, без заимствованной основы. Это редкий случай, когда фамилия сохранила в себе бытовое, почти диалектное слово, не перейдя в разряд «книжных». Споров между версиями нет: обе рабочие, но первая (конь + нога) правдоподобнее из-за прозрачности образа и частоты подобных прозвищ в русской ономастике.