Фамилия Конопинь — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а растение, но не напрямую, а через уменьшительную форму. Корень здесь — «конопл-» (конопля), но суффикс «-инь» указывает на то, что прозвище давали не взрослому человеку, а скорее подростку или человеку с какой-то характерной чертой, которую сравнивали с коноплёй.

В славянской ономастике суффикс «-инь» (как в фамилиях Кузьминь, Ильинь) встречается реже, чем «-ин» или «-ов». Он не столько патронимический (указывающий на отца), сколько уменьшительно-ласкательный или прозвищный. То есть Конопинь — это не «сын Конопа», а «маленький конопля» или «тот, кого прозвали Конопинь». Такая форма могла закрепиться в южнорусских или украинских говорах, где «конопинь» могло означать стебелёк конопли, худого и высокого человека, или же того, кто занимался обработкой конопли (трепал, прял), но в молодом возрасте.

Есть и вторая, более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть из диалектного прозвища «Конопля» через добавление суффикса «-инь» для отличия от других однофамильцев. В русских деревнях, где конопля была основной технической культурой (из неё делали масло, верёвки, ткань), прозвища по этому растению давали часто — либо за высокий рост, либо за привычку носить одежду из конопляного холста, либо за то, что человек сам сеял и обрабатывал коноплю.

Географически фамилия привязана к зонам традиционного коноплеводства — центральная Россия, Поволжье, Украина, Белоруссия. Встречается она нечасто, и в большинстве архивов XIX века носители Конопинь — это крестьяне или мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что логично: конопля была «мужицким» растением, символом крестьянского быта.