Фамилия Конопухин образована от прозвища Конопуха. Скорее всего, так называли человека, лицо которого было покрыто веснушками или оспинами. Однако нельзя также исключить связь прозвища с глаголом «конопатить» - «пробивать щели, пазы конопатью, т.е. пенькой, паклей, хлопком, мохом и пр.». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Конопуха, со временем получил фамилию Конопухин.