Фамилия Конторин — наглядный пример того, как прозвище или должность превратились в родовое имя. Её основа, скорее всего, связана со словом «контора» — так в России называли присутственное место, правление, канцелярию. Человек, работавший в конторе, мог получить прозвище Контора, а его потомки — фамилию Конторин.

Суффикс -ин указывает на модель «чей?»: сын Конторы. Это одна из самых распространённых моделей в русских фамилиях, но в данном случае интересна сама основа. Слово «контора» пришло в русский язык из немецкого (Kontor — торговое представительство, фактория) и в XVIII–XIX веках было широко распространено в среде купечества и чиновничества. Поэтому предок-Конторин мог быть не просто писцом, а, например, приказчиком или управляющим в барской конторе.

Есть и другая, менее вероятная версия: от имени Кондратий через просторечную форму Контора. В народе имя Кондратий нередко сокращали до Кондра, а от Кондры до Конторы — один шаг. Однако эта гипотеза слабее, потому что для неё нет устойчивой диалектной фиксации, тогда как связь фамилии с должностью (конторщик) лежит на поверхности и встречается в ономастических работах.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России, где помещичьи конторы были обычным делом. Встречается она нечасто, что тоже косвенно подтверждает её профессиональное происхождение: конторщики составляли узкий слой грамотных людей, и фамилия не успела стать массовой. Сравните с однокоренными Конторов, Конторщиков — все они из одного гнезда, но Конторин выделяется более личным, «сыновним» оттенком.