Фамилия Конторина — женская форма, а мужская — Конторин. В основе лежит слово «контора». Но связь с реальной конторой, то есть учреждением, не прямая. Фамилия образована не от названия места работы, а от прозвища или профессионального именования человека.

В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Конторин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Контора. Так могли назвать человека, который работал в конторе — писаря, приказчика, управляющего. Но нередко прозвище давали с иронией: «конторой» в деревнях называли того, кто вёл себя важно, любил бумажную волокиту или сидел без дела, изображая начальника.

В некоторых говорах слово «контора» имело и бытовое значение — так могли называть лавку, склад или амбар. Соответственно, прозвище Контора мог получить и владелец такой постройки, либо человек, живший рядом с ней.

Фамилия Конторин — сравнительно редкая. Она встречается в Поволжье, на Урале и в Сибири, куда переселенцы принесли её из центральных губерний. Встречается и вариант Конторский, но он образован по другой модели — с суффиксом -ский, характерным для польской и украинской традиции, а также для семинарских фамилий. Конторин же — типично русская, «патронимическая» фамилия, возникшая в крестьянской или мещанской среде.

В дореволюционных метрических книгах фамилия Конторин нередко записывалась с двумя «н» — Коннорин, что могло быть следствием диалектного произношения или ошибки писаря. Но основная версия остаётся прозрачной: предок носителя фамилии был так или иначе связан с конторой — либо служил в ней, либо получил прозвище за сходство с конторским служащим.