Фамилия Копнинская — яркий пример «географической» модели, по которой в России формировались дворянские, а позже и простонародные фамилии. Суффикс -ск- указывает на связь с местом: такую фамилию получал либо владелец поместья, либо выходец из села или деревни с названием Копнино, Копнинка. В основе топонима, скорее всего, лежит слово «копна» — куча сена или соломы, сложенная для хранения. Прозвище Копна могли дать человеку плотного, коренастого телосложения, но в названии поселения оно, вероятнее, отражало местный ландшафт или род занятий жителей — сенокос, заготовку кормов.

Поскольку фамилия имеет форму женского рода (Копнинская, а не Копнинский), перед нами, скорее всего, «полонизированный» или южнорусский вариант, либо фамилия, зафиксированная в документах за женщиной. В русской традиции фамилии на -ский/-ская обычно не меняют род по носителю, но в быту, особенно в среде духовенства или в малороссийских землях, женская форма могла закрепиться как основная. Впрочем, не исключено, что исходный носитель — мужчина Копнинский, а его потомки по какой-то причине (например, при переписи) записаны через «а».

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России и к бывшим псковским и новгородским землям, где деревни с корнем «копн-» встречаются часто. Встречается она и в среде старообрядцев, которые нередко сохраняли архаичные формы фамилий.

Редкость фамилии Копнинская в том, что она почти не дала вариантов с суффиксами -ов или -ин (Копнин, Копнинов), которые были бы более привычны для крестьянской среды. Это косвенно подтверждает её «служилое» или «церковное» происхождение: в среде духовенства и дворянства модель на -ский доминировала. Предки Копнинских вполне могли быть либо священниками, получившими фамилию по названию села, где стоял храм, либо мелкими помещиками, чья усадьба называлась Копнино.