Фамилия Коптянинова — женская форма от мужской Коптянинов, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -инов встречается реже, чем массовые -ов и -ев. Она характерна для фамилий, образованных от прозвищ или имён с суффиксом -яня (как Коптяня → Коптянин → Коптянинов). То есть в основе лежит не прямое прозвище, а отчество второго порядка: «сын Коптянина», где Коптянин — человек, которого звали Коптяня.

Что значило прозвище Коптяня? Самая прямая версия — от глагола коптить. Прозвище могли дать тому, кто работал с копчением: коптильщик рыбы или мяса, либо тот, кто жил в курной избе, где постоянно висел коптёж. В говорах «коптя» — «дымный, закопчённый человек». Есть и менее очевидная версия: в некоторых диалектах «коптить» означало «хитрить, обманывать» (ср. «накоптить» — наврать). Тогда Коптяня — прозвище плутоватого человека.

География фамилии тяготеет к северным и центральным регионам России. Встречается в Вологодской, Архангельской, Костромской областях — там, где был развит промысловый лов рыбы и её копчение. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с корнем «Коптя» в этих краях. Фамилия недворянская, нечастотная, что делает её ценной для локальной генеалогии: предки, скорее всего, были черносошными крестьянами или ремесленниками.

Правописание «Коптянинова» с двумя «н» — норма для русского языка (основа на -ин + суффикс -ов). Встречается вариант «Коптянинов» без окончания -а для мужчин. Однокоренные фамилии — Коптев, Коптяев, Коптягин — но все они образованы по разным моделям, что говорит о самостоятельном бытовании прозвища Коптяня.