Фамилия Коптюбенко — яркий пример украинской модели образования на -енко, которая в XVII–XIX веках была главным маркером фамилий казацкой старшины и мещан Левобережья. Суффикс -енко буквально означает «маленький» или «сын», то есть Коптюбенко — это «сын Коптюба». Вся интрига фамилии скрыта в основе.

Корень «Копт-» в украинских и южнорусских говорах имеет два основных значения. Первое — ремесленное: «коптить» (дымить, вялить на дыму). Коптюбом могли прозвать человека, который занимался копчением рыбы или мяса, либо того, кто постоянно ходил в закопченной одежде — кузнеца, печника, смолокура. Второе, менее очевидное — диалектное «копт» в значении «сажа, копоть», что могло перейти в прозвище за смуглый цвет лица или за привычку пачкаться.

Версия, что в основе лежит тюркское имя Коптю (от «коп» — много, обильный), возможна, но маловероятна: для украинской антропонимии типичнее прозвища из бытовой лексики, а не из степных заимствований. К тому же вторая часть «-юб» — не суффикс, а остаток корня, возможно, от слова «любити» (Коптолюб — любитель копчения), со временем стянувшийся до «Коптюб».

Географически фамилия тяготеет к Черниговщине и Полтавщине — регионам, где фамилии на -енко наиболее плотно закреплены в реестрах казаков. В переписях XIX века Коптюбенко встречаются среди государственных крестьян и мещан, реже — среди духовенства. Примечательно, что фамилия не получила распространения за пределами Украины, что говорит о её узколокальном происхождении: вероятно, родоначальник был известен в пределах одного села или сотни.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Коптев, Коптилов, Коптяев — показывает, что русский вариант предпочёл суффиксы -ев и -ов, а украинский сохранил патронимическую модель. Коптюбенко — не переосмысленная фамилия, не переделка из другой: её основа прозрачна, а суффикс однозначно указывает на происхождение носителя из среды, где фамилии ещё не были застывшими, а передавали профессиональную или бытовую характеристику предка.