Фамилия Копытенков — один из тех случаев, когда корень слова намекает на прозвище, а суффикс выдаёт географическое происхождение. В основе лежит слово «копыто». Первый и самый очевидный вариант: прозвище Копыто дали человеку с крупными, широкими ступнями или с особой походкой — тяжёлой, «копытной». В русских говорах «копытом» могли назвать и неуклюжего, грубого человека, а в некоторых диалектах — упрямца.

Но есть и вторая, менее заметная версия. В псковских и тверских говорах «копытень» — это не только растение (копытень европейский), но и старый, запущенный след зверя, а также человек, который «топчется на месте» или медлителен. От «копытня» через суффикс -енк- (уменьшительный или патронимический) легко получается Копытенков.

Ключевая деталь этой фамилии — суффикс -енков. Он характерен для южнорусских и, особенно, для украинско-белорусского пограничья (Брянщина, Смоленщина, Курская, Орловская области). В центральной России чаще встречаются Копытовы (от «Копыт»), а форма на -енков указывает на то, что предка звали не просто Копыто, а Копытенко или Копытень. То есть фамилия образована не напрямую от прозвища, а от его производной формы: Копытенко — сын Копытня, а Копытенков — уже сын Копытенко. Такая цепочка — признак того, что фамилия закрепилась на стыке великорусской и малороссийской традиций.

В документах XVII–XVIII веков на юге России встречаются как «копытники» (мастера, подковывавшие лошадей, или сборщики копытного сырья), так и крестьяне с прозвищем Копыто. Однако Копытенков — фамилия сравнительно редкая, не попавшая в массовые списки дворянства или купечества. Скорее всего, её носили государственные или помещичьи крестьяне из южных уездов, где суффикс -енков был нормой для фамилий из прозвищ на согласный.