Фамилия Копытенко звучит как типичная украинская фамилия, и это действительно так. Её выдает суффикс -енко, который в украинской ономастике означает «маленький», «сын» или «потомок». Без этого суффикса основа — Копыта — указывает на прозвище, которое мог получить человек. Слово «копыто» в прямом смысле отсылает к ноге лошади или другого копытного животного, но прозвище Копыто вряд ли давали за внешнее сходство. Скорее всего, так называли человека с тяжелой поступью, грубой обувью или того, кто работал с лошадьми — кузнеца, конюха или пастуха.

Вероятнее всего, фамилия образовалась в среде запорожского или слобожанского казачества, где прозвища были короткими, меткими и нередко связанными с бытом. Суффикс -енко стал массово закрепляться в XVI–XVII веках как указание на принадлежность к роду: Копытенко — буквально «сын Копыты». Параллельно в русских говорах бытует слово «копытень» — так называли растение копытень европейский, но вряд ли фамилия связана с ботаникой: прозвища по растениям встречаются реже, чем по профессиям или чертам характера.

Интересно, что фамилия Копытенко почти не встречается за пределами Украины и юга России. В современных базах данных она локализуется в основном в Черкасской, Полтавской и Харьковской областях, а также в Краснодарском крае — традиционных местах расселения украинцев. В отличие от фамилии Копытов (с русским суффиксом -ов), Копытенко сохраняет украинскую модель образования, что сразу указывает на географию происхождения предков.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Копытенко стоит в одном ряду с Копытко, Копытько и Копытенок. Все они образованы от одного прозвища, но разными патронимическими суффиксами. В словаре украинских фамилий Ю. К. Редько эта модель описана как одна из самых продуктивных для центральных и левобережных областей Украины. Никаких дворянских родов или известных исторических личностей под этой фамилией не зафиксировано — это стопроцентно крестьянская или казацкая фамилия, что подтверждает её «ремесленное» происхождение.