Фамилия Корнаев — самобытный памятник славянской культуры, и её происхождение, как часто бывает, не сводится к одной версии. В основе фамилии лежит прозвище Корнай, а сама модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ев присоединялся к основе, оканчивающейся на -й, и означал принадлежность («чей?» — сын Корная).

Самая прямая версия связывает прозвище с глаголом «корнать» — обрезать, остригать, укорачивать. В этом случае Корнаем могли назвать человека, который либо сам носил коротко остриженные волосы (что в старину бросалось в глаза на фоне обычая носить длинные волосы), либо по роду занятий был парикмахером. Вторая гипотеза отталкивается от диалектного слова «карный» — малорослый, низкий, короткий. Тогда прозвище Карный (а затем Корнай, с чередованием гласных под влиянием акающих говоров) мог получить приземистый, невысокий человек. Третья, менее очевидная версия, выводит прозвище из существительного «карна» — так в старину называли кошель или мешок невода. В этом случае Корнаем могли прозвать рыбака, мастера по изготовлению рыболовных снастей или человека с характерной походкой или фигурой, напоминавшей мешок.

Чередование о/а в корне — не ошибка, а живой процесс в русских говорах: там, где «акали», Карнай легко превращался в Корная. Со временем прозвище закрепилось как семейное именование, и потомки человека по прозвищу Корнай стали Корнаевыми. Фамилия эта — не аристократическая, а скорее крестьянская или посадская, что типично для прозвищ, описывающих внешность, профессию или бытовую деталь. Окончательно установить, какая из версий верна для конкретной ветви рода, можно только через архивные изыскания: метрические книги, ревизские сказки и писцовые книги по региону бытования фамилии.