Фамилия Корнаушенко образована от прозвища, которое закрепилось за человеком с характерной внешней приметой. В основе лежит слово «карнаухий» — так на Руси называли того, у кого ухо было отрезано, изуродовано или отсутствовало. Прозвище было точным и цепким: оно быстро становилось главным именем, вытесняя крестильное, и переходило в документы.

Модель образования фамилии — украинская, с суффиксом -енко. В XVII–XVIII веках этот суффикс в Поднепровье и Слобожанщине означал «сын» или «потомок». Корнаушенко — буквально «сын Карнауха» (или «потомок Карнаухого»). Со временем безударное «о» в первом слоге перешло в «а» (аканье), и фамилия закрепилась в написании через «о»: Корнаушенко.

Интересно, что прозвище «Карнаухий» не всегда означало увечье. В казачьей среде его могли дать за драку, наказание или боевое ранение, а иногда — иронично, за торчащие или необычной формы уши. В любом случае, носитель фамилии Корнаушенко — потомок человека, которого в округе узнавали по этой заметной детали.

Фамилия редкая, географически привязана к южнорусским и украинским областям. Встречается в старых переписях Курской, Харьковской и Воронежской губерний. В отличие от более частых Карнаухов или Карнаух, форма на -енко выдает именно украинскую ветвь рода.