Фамилия Корнаушенков — один из тех случаев, когда прозвище предка буквально «говорит» само за себя, но нуждается в расшифровке из-за устаревшей лексики. Основа здесь — слово «корноухий», то есть человек с обрезанным, куцым или отсутствующим ухом. В старину «корный» означало «короткий», «обрубленный», отсюда и «корноухий» — тот, у кого ухо укорочено или повреждено. Прозвище могли дать человеку, потерявшему ухо в драке, от болезни или в результате наказания (увечье было распространённой мерой). В некоторых говорах «корноухим» называли даже не человека, а, например, собаку или кошку с куцым ухом, но прозвище закрепилось именно за людьми.

Словообразовательная модель фамилии необычна и многоступенчата. От «корноухий» сначала возникла краткая форма «Корнауш» (с усечением и заменой «х» на «ш» по типу «сухой — сушь»). Затем к ней добавился суффикс -енк-, который в восточнославянских фамилиях часто указывал на потомка или принадлежность («чей?» — Корнаушенков). Суффикс -ов на конце окончательно закрепил форму притяжательного прилагательного. Таким образом, Корнаушенков буквально означает «внук (или потомок) Корнауша», то есть человека, которого прозвали Корноухим.

География фамилии довольно узкая. Судя по архивным данным и современным справочникам, Корнаушенковы — это коренные жители южнорусских и украинских земель, особенно Курской, Белгородской, Воронежской областей и востока Украины (Сумщина, Харьковщина). Фамилия типична для среды однодворцев и казаков — сословий, где прозвища часто отражали физические приметы, а не род занятий. В этих краях суффикс -енков был особенно распространён, он вытеснял великорусское -ов в фамилиях, образованных от прозвищ на согласный.

Интересно, что фамилия не имеет отношения к слову «корн» (зерно) или «корнет» (военный чин), хотя такие ложные этимологии иногда встречаются в любительских разборах. Корень здесь именно «корн-» в значении «короткий, обрезанный», что подтверждается параллельными фамилиями: Корноухов, Корноуховский, Корноух. Разница лишь в том, что в основе Корнаушенкова — более редкая народная форма с усечением «-ух» до «-уш», что делает её уникальной в ряду однокоренных фамилий.