Фамилия Корнаушкин звучит необычно, и её разбор сразу даёт ключ к происхождению. В основе лежит прозвище или мирское имя Корнаушка. Суффикс -к- в таких именах часто носил уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок, а -ин указывает на принадлежность: «сын Корнаушки». То есть фамилия образована по стандартной для русских фамилий модели «отчество от прозвища», но само прозвище — редкое.

Что такое «корнаушка»? Скорее всего, это человек с обрезанным, «коротким» ухом. В русских говорах глагол «корнать» означает «резать, укорачивать, стричь неровно, обрубать». Корнаушкой могли назвать того, кто лишился части уха в драке, в бою или по наказанию. В старину ухо могли отрезать за кражу или как знак раба, но прозвище могло закрепиться и за человеком с заметной природной особенностью — например, с маленькой или деформированной ушной раковиной.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с «корнать» в значении «стричь» (например, овцу или сукно). Тогда Корнаушка — это стригаль, человек, занятый стрижкой овец или обработкой ткани. Однако эта версия слабее: прозвище по внешнему признаку встречается чаще, чем по редкому ремеслу.

Фамилия Корнаушкин — русская, патронимическая (отчество в форме притяжательного прилагательного). Её ареал тяготеет к центральным и южнорусским областям, где были распространены говоры с глаголом «корнать». Встречаются однокоренные фамилии: Корнаухов, Корнаух, Корнаушенко, — все они образованы от того же корня, но с разными суффиксами.

Сословного барьера у фамилии не было: прозвище Корнаушка мог получить и крестьянин, и посадский человек, и казак. В документах XVII–XVIII веков встречаются упоминания «Корнаухих» и «Корнаушек» среди служилых людей и крестьян. Конкретных знаменитых носителей фамилии Корнаушкин в истории не зафиксировано, что типично для фамилий, образованных от прозвищ по физическому недостатку, — они были распространены в простонародье и редко попадали в дворянские родословные.