Фамилия Корнутенко — яркий пример восточноукраинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была особенно распространена на Левобережной Украине, в частности в Черниговской и Полтавской губерниях. Суффикс -енко в этой традиции означал «сын» или «потомок», то есть Корнутенко — это буквально «сын Корнуты».

Основа фамилии — прозвище Корнута. Его происхождение почти наверняка связано с украинским словом «корнутий» — рогатый, имеющий рога. В народной речи так могли назвать человека с упрямым, строптивым характером (рогатый — в переносном смысле «упёртый»), либо того, кто носил что-то, напоминающее рога, например, шапку с торчащими ушами или высокий чуб. Нельзя исключать и связь с профессией пастуха или владельца крупного рогатого скота, но это менее вероятно, так как прозвище скорее указывало на внешность или поведение.

Встречается и более редкая версия, связывающая фамилию с польским словом «kornet» (чепец, головной убор), но она слаба: суффикс -ут- в украинских прозвищах (как Горкута, Хомута) типичен для уничижительных или описательных форм, а не для заимствований из польского в этой сфере. Таким образом, «рогатый предок» — самая рабочая гипотеза.

Фамилия редкая, географически тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а в России встречается единично, чаще всего в результате миграций XX века. В дореволюционных документах Корнутенко фигурируют в основном как казаки или крестьяне — фамилия не дворянская, без родового герба и не попала в «Бархатную книгу». Её ценность в другом: она сохранила живую, образную народную речь, где внешний признак или характер человека становились его родовым именем.