Фамилия Корнутий — редкий случай в русском ономастиконе. С первого взгляда кажется, что перед нами фамилия на -ий, типичная для духовного сословия (вроде Преображенский, Троицкий). Но это не так: основа здесь не от названия церковного праздника или иконы, а от мужского имени Корнутий.

Имя Корнутий — латинского происхождения, от слова cornu («рог»). В Древнем Риме существовало родовое имя Cornutus, которое носили, например, философ-стоик Луций Анней Корнут. В христианский именослов имя попало благодаря святому мученику Корнутию, епископу Никомидийскому. В святцах оно встречается, но никогда не было распространённым на Руси — это большая редкость.

Фамилия образована по простой модели: к полной форме имени Корнутий добавили нулевой суффикс, то есть просто перенесли имя в фамилию без изменений. Такой способ типичен для украинской и южнорусской традиции, где фамилии на -ий нередко фиксировали имя или прозвище в исходном виде (сравните: Лазарь, Назарий). Если бы фамилия оформлялась по великорусскому стандарту, мы бы получили Корнутов (с суффиксом -ов) или Корнутьев (с -ев от мягкой основы). Форма Корнутий — либо поздняя запись в метрической книге, либо указание на то, что предок был священнослужителем, которого в документах называли по полному церковному имени.

Носители фамилии Корнутий встречаются в основном на западе и юге России, а также на Украине. В дореволюционных переписях она фиксировалась в Херсонской и Подольской губерниях. Сословно это могли быть как крестьяне, так и мещане, но с высокой вероятностью — потомки людей, получивших имя по святцам в честь малоизвестного святого.

Спорных версий у этой фамилии немного. Единственная альтернатива — связь с топонимом (например, село Корнути или Корнуты), но таких названий в России и Украине не зафиксировано. Версия о происхождении от прозвища «Корнутый» (от диалектного «корнутый» — «кривой, изогнутый, как рог») лингвистически слаба: суффикс -ий в прозвищах нехарактерен. Поэтому основная и самая надёжная гипотеза — от редкого крестильного имени.