Фамилия Корнышовас — редкий случай, когда литовский суффикс встречается на русской основе. Вам не нужно гадать, откуда она: окончание -ас (-as) — типичный маркер литовских фамилий мужского рода. В Литве так оформляли фамилии крестьян и мещан, а в Российской империи после отмены крепостного права литовцам массово присваивали именно такие патронимические формы. Но основа здесь явно не литовская, а восточнославянская.

Корень фамилии — Корныш. Это уменьшительно-пренебрежительная форма от имени Корней (церковное Корнилий). В русских говорах суффикс -ыш часто давал прозвища: Корныш — «маленький Корней» или «сын Корнея». Такие формы бытовали в южнорусских и белорусских землях, где имя Корней было распространено. Со временем прозвище закрепилось как фамилия Корнышев, Корнышов или, в литовской среде, Корнышовас.

История этой фамилии — следствие тесных контактов славянского и балтского населения. В XIX веке многие православные или католики из белорусских и смоленских губерний, переселяясь в Литву или получая документы на литовском языке, «обрусевали» фамилии на литовский манер. Так Корнышев мог превратиться в Корнышоваса — не по крови, а по бумагам. Встречается фамилия и среди потомков литовцев, которые взяли славянское прозвище и оформили его по-своему.

Других версий, кроме как от имени Корней, у фамилии нет. Связь с «корнем» или «корытом» — натяжка, лингвисты её не рассматривают. Фамилия редкая, в современных базах данных фиксируется единично — в Литве и у выходцев оттуда в России. Если вы носитель такой фамилии, ваши предки почти наверняка жили на стыке двух культур и языков.