Фамилия Корнышев образована от имени или прозвища Корныш. Самая прямая и распространённая версия — что Корныш это уменьшительная форма крестильного имени Корнелий, которое в переводе с латинского означает «рог». В этом случае фамилия входит в большой ряд русских фамилий, образованных от канонических имён через обиходные, сокращённые формы.

Однако у этой фамилии есть и другие, менее очевидные корни. Нельзя исключать, что в основе лежит тюркское слово «корныш» — «совет, совещание». Тогда прозвище Корныш мог получить человек, участвовавший в советах, уважаемый советчик. Есть и марийская версия: от слова «корно» — «дорога, путь». В таком случае Корнышем называли путника или странника.

Одно из ранних упоминаний фамилии в исторических документах принадлежит С. Б. Веселовскому: Корныш, посадский человек, 1585 год, Новгород. Это говорит о том, что фамилия бытовала на русском Северо-Западе уже в XVI веке. Сама фамилия образована по стандартной модели: к основе Корныш- добавился суффикс принадлежности -ев, указывающий на потомка человека по имени или прозвищу Корныш.