Фамилия Коробенко образована по одной из самых распространённых в украинской ономастике моделей — с суффиксом -енко. Первоначально такие фамилии означали «сын» или «потомок» того, кто назван в основе. В данном случае основа — прозвище Короб, Коробок или Коробка.

Прозвище Короб восходит к нарицательному «короб». В старину этим словом называли не только плетёную ёмкость для хранения и перевозки вещей, но и повозку, телегу. Соответственно, прозвище могло указывать на род занятий: мастера по изготовлению коробов, торговца, разносившего товары в коробе, или извозчика. Кроме того, в переносном смысле «коробом» могли назвать толстого, плотного человека — а значит, зажиточного, сытого.

Прозвища Короб, Коробок, Коробка фиксируются в письменных источниках с XV века. Например, в новгородских документах 1495 года упоминается крестьянин Коробка Калина; под Казанью в конце XV века служил воевода Андрей Иванович Коробов; в Москве в 1470 году записан Коробкин Никуда Андреев. Все эти примеры показывают, что основа была живой и употребительной в разных землях.

Фамилия Коробенко, скорее всего, закрепилась на территории современной Украины или в южнорусских областях, где был распространён патронимический суффикс -енко. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые часто означали принадлежность («чей?»), украинские фамилии на -енко подчёркивали происхождение: «чей сын?». То есть Коробенко — это буквально «сын Короба».

Таким образом, предки носителей этой фамилии могли быть ремесленниками, торговцами, извозчиками — людьми, чья жизнь или внешность дали повод для прозвища. Со временем прозвище стало наследственным, вытеснило прежнее крестильное имя и перешло в фамилию, которая дошла до наших дней.