Фамилия Короткошей — один из ярких примеров «говорящих» русских фамилий, образованных от прозвища, данного по внешнему признаку. Основа здесь прозрачна: «короткая шея». Человек с такой приметой получал прозвище Короткошей, а его дети и внуки становились Короткошеевыми, а со временем — Короткошеями (по модели отсечения суффикса, что встречается реже, чем полная форма на -ев).

Интересно, что фамилия эта — не южнорусская и не западная, а скорее северная или центральная. Суффикс -ей (а не -ев) указывает на старую модель образования: в говорах Русского Севера и некоторых областях Поволжья прозвища на -ей нередко переходили в фамилии без добавления -ов/-ев. Например, Косой — Косей, Глухой — Глухей. Короткошей мог превратиться в Короткошея именно так, минуя стандартный патронимический суффикс. Встречается и вариант Короткошеев — он более распространён и «правилен» с точки зрения литературной нормы, но именно форма без -ев звучит архаичнее и локальнее.

Прозвище давали не в насмешку, а как безоценочную характеристику — в крестьянской среде внешние черты фиксировали для узнавания. Короткая шея могла быть следствием телосложения или болезни, но носитель прозвища не обязательно был уродлив: в старину так называли и коренастых, плотных людей. Родственные фамилии — Коротков (от «короткий»), Шеин (от «шея»), а также Длинношеев (как антоним). Но Короткошей стоит особняком: это не прилагательное, а прозвище-существительное, что делает его более живым и конкретным.

По данным переписей XIX века, Короткошеевы встречались в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях — там, где сохранялись старые прозвищные традиции. В современных телефонных справочниках фамилия редкая, её носители рассеяны по всей России, но наибольшая концентрация — в Вологодской области и в Москве. Если вы Короткошей, ваши предки почти наверняка были крестьянами северных губерний, и прозвище им дали по простой и заметной черте — короткой шее. Никакой тайны, только быт и язык.