Фамилия Короткый — редкий случай, когда написание сохранило древнюю орфографическую черту. В современном русском языке прилагательное пишется через «и» — «короткий». Форма с «ы» на конце (Короткый) либо отражает старую, дореформенную графику, либо является украинским или южнорусским вариантом, где «ы» передаёт твёрдое произношение. В любом случае, это не ошибка, а историческая фиксация звучания.

Основа фамилии — прозвище Короткий, которое давали человеку невысокого роста. Такие прозвища по внешним признакам (Малый, Длинный, Толстой) были одними из самых распространённых на Руси. Примечательно, что в данном случае прозвище перешло в фамилию без патронимического суффикса -ов/-ев или -ин, то есть по модели «чистого прилагательного». Это характерно для северных и сибирских говоров, а также для украинской ономастики. В официальных документах такие фамилии могли склоняться, как и обычные прилагательные, но в быту часто застывали в именительном падеже.

В русской традиции фамилии на -ый/-ий обычно принадлежали духовенству (например, Благовещенский, Успенский) или дворянству (Толстой, Сухой). Однако Короткый — случай иной: прозвище из крестьянской или посадской среды. Священники редко брали себе фамилию с таким бытовым значением. Поэтому предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, которых за невысокий рост прозвали Короткими, и это прозвище закрепилось за родом.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить ареал. Коротков — самая распространённая форма, типичная для центральных областей России. Коротченко — украинская, Короткевич — белорусская и польская. Вариант Короткый встречается реже и, как правило, указывает на южнорусские или украинские корни, где «ы» после «к» произносится твёрдо. Встречается также написание Короткый с ударением на второй слог, что может быть локальной особенностью.

В дореволюционных метрических книгах фамилия могла писаться через «и» (Короткий), а в советских паспортах — уже как Короткый, если носитель настаивал на старом написании. Это делает фамилию своего рода «языковым ископаемым», сохранившим черту живой речи, которая в литературном языке была заменена.