Фамилия Короткина — женская форма фамилии Короткин, и её происхождение прозрачнее, чем кажется на первый взгляд. В основе лежит прилагательное «короткий», но не в прямом смысле длины, а в переносном, прозвищном значении. На Руси Коротким могли прозвать невысокого человека, того, кто был «короток» ростом, или же человека вспыльчивого, нетерпеливого — в народе говорили «короток на руку» или «ум короток». Реже прозвище закреплялось за тем, кто носил короткую одежду, что в старину тоже было заметной приметой.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе «Коротк-» добавили патронимический суффикс «-ин», указывающий на принадлежность («чей?» — сын Короткого). Такие фамилии чаще всего возникали в северных и центральных регионах России, где суффикс «-ин» был особенно распространён. В отличие от фамилий на «-ов», которые часто образовывались от названий профессий или животных, «-ин» тяготел к личным качествам и прозвищам.

Интересно, что фамилия Короткин (и её женская форма) нередко встречается в старых переписных книгах XVII века, особенно среди крестьян и посадских людей. Например, в документах по Вологодскому уезду упоминаются крестьяне с таким прозвищем — это говорит о том, что фамилия не была дворянской или искусственной, а выросла из бытового общения. В некоторых говорах существовал вариант «Коротков» — с суффиксом «-ов», но он менее характерен для этой основы: «Короткий» как прозвище чаще давало «Короткин», чем «Коротков».

В современном русском языке фамилия сохранила исходное ударение на втором слоге: Короткина. Встречается она по всей стране, но заметно чаще в Центральной России и Поволжье. Учитывая, что прозвище было очень распространённым, у разных носителей фамилии не было общего предка — это типичный случай полифилетического происхождения, когда одинаковые фамилии возникали независимо в разных семьях.