Фамилия Короткая — это застывшая форма прозвища, и её этимология прозрачна: Коротким обычно называли человека невысокого роста. Такая модель образования типична для русских фамилий, когда прилагательное переходит в разряд существительных и закрепляется за родом. В данном случае фамилия стоит в форме женского рода, что указывает на её происхождение от прозвища матери или на то, что носительница — женщина.

В исторических документах встречаются родственные прозвища и фамилии. Например, в работах С. Б. Веселовского упоминаются: Коротень Васильевич Путилов (1490 г.), а также Василий, Матвей, Кушник и Третьяк Коротневы, казнённые в опричнине в 1570 году. Интересна фиксация прозвища Короткие Ноги у Семена Давидовича Данилова (вторая половина XV века) — это показывает, что основа «коротк-» использовалась для описания конкретных физических черт, а не только общего роста.

Словообразовательный суффикс -к- в основе указывает на уменьшительно-пренебрежительный оттенок прозвища, что характерно для бытовой речи. Сама фамилия могла возникнуть в разных регионах независимо, но чаще встречается в южнорусских и украинских говорах, где форма «Короткий» (и её женский вариант) была особенно распространена. В отличие от фамилий на -ов/-ев, эта форма не указывает на принадлежность («чей?»), а напрямую описывает человека, что делает её более древней по происхождению.