Фамилия Коротоножкин образована от прозвища Коротоножка, которое, скорее всего, имеет сложную структуру и состоит из двух частей. Первая из них, предположительно, восходит к прилагательному «короткий», то есть «небольшой, недлинный, маленький». Второй же компонент прозвища, вероятно, этимологически связан с существительным «нога». Таким образом, вполне возможно, что прозвище Коротоножка отражало особенности внешности основателя рода (короткие ноги). Так и прозвище Коротоножка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Коротоножкин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Коротоножка, со временем получил фамилию Коротоножкин.