Фамилия Коротоножкин образована от прозвища Коротоножка, которое, скорее всего, имеет сложную структуру и состоит из двух частей. Первая из них восходит к прилагательному «короткий», то есть «небольшой, недлинный, маленький». Второй компонент этимологически связан с существительным «нога». Таким образом, прозвище Коротоножка отражало особенности внешности основателя рода — короткие ноги. Со временем это бытовое именование закрепилось за человеком, а затем легло в основу фамилии Коротоножкин.

Словообразовательная модель здесь типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Коротоножкин буквально означает «сын Коротоножки» или потомок человека с таким прозвищем. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на согласный (Иванов — от Иван), суффикс -ин присоединяется к основам на -а/-я (Коротоножка — Коротоножкин). Эта модель особенно распространена в северных и центральных регионах России, что может указывать на географическое происхождение рода.

Стоит отметить, что прозвища, описывающие физические особенности, были одними из самых древних и устойчивых в русской ономастике. Они не несли оскорбительного оттенка, а служили практическим средством идентификации в общине, где официальные фамилии отсутствовали. Фамилия Коротоножкин — редкий пример, где основа сохранила уменьшительно-ласкательный суффикс -к-, что придаёт прозвищу скорее бытовой, чем грубый характер (сравните с более прямыми формами вроде Коротконогий). Документальных свидетельств о первых носителях фамилии пока не обнаружено, но по модели образования её можно отнести к числу прозвищных фамилий, возникших в XV–XVII веках.