Фамилия Коротоножкина образована от прозвища Коротоножка, которое прямо описывает внешнюю особенность человека — короткие ноги. Основа прозвища составная: первая часть восходит к прилагательному «короткий» (небольшой, недлинный), вторая — к существительному «нога». Такие «говорящие» прозвища были обычным делом в русской среде: они закреплялись за человеком как его бытовое имя, если какая-то черта бросалась в глаза окружающим.

Обратите внимание на суффикс -к- в основе прозвища (Коротонож-к-а). В русской ономастике суффикс -к- часто придаёт слову уменьшительно-ласкательный или бытовой оттенок, но в фамилиях, образованных от прозвищ, он скорее фиксирует сам тип именования. Фамилия оформлена суффиксом -ин, который в русской модели присоединяется к основам на -а/-я: Коротоножк(а) → Коротоножкин. Такая модель типична для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин распространены шире, чем на юге.

Редкость фамилии в том, что её структура не допускает иного толкования — в отличие от многих «тёмных» прозвищ, здесь значение прозрачно. Однако стоит упомянуть, что в говорах слово «короткий» могло иметь и переносные смыслы (например, «недостаточный, скудный»), но применительно к ногам внешняя характеристика остаётся самой прямой версией. Никакой связи с ремеслом или профессией у этой фамилии нет — она чисто описательная, из разряда «глядели и назвали».

Потомок человека по прозвищу Коротоножка со временем получил фамилию Коротоножкин, а женщина из этого рода — Коротоножкина. Фамилия нечастая, в современных справочниках массово не встречается, что говорит о её локальном бытовании: скорее всего, предки жили в одном селе или волости, где прозвище прижилось и передалось детям без изменений.