Фамилию Коротун чаще всего связывают с украинским словом «коротун» — так говорили о человеке невысокого роста или о том, кто носил короткую одежду. Прозвище было наглядным и цепким, поэтому легко закрепилось за родом. Модель образования типична для восточнославянских фамилий: основа — усечённое прилагательное «короткий» плюс суффикс -ун, который в украинской и белорусской традиции часто давал прозвища по характерной черте (ср. Болтун, Молчун, Говорун). Фамилия распространена на западе Украины и в южных областях России — там, где исторически был силён украинский языковой слой.

Есть и более спорная версия, выводящая фамилию от имени Корочун. В славянской мифологии Корочун — злой дух, связанный с зимним солнцеворотом и смертью. Сторонники этой гипотезы утверждают, что родители могли дать такое имя ребёнку как оберег: мол, назовёшь страшным именем — злые силы не тронут. Однако эта версия выглядит натянутой: имя Корочун в качестве личного практически не встречается в документах, а прозвище Коротун, напротив, фиксируется многократно. К тому же фонетический переход «о» в «а» под ударением в украинском языке — явление редкое, так что связь с «коротким» остаётся основной.

На письме фамилия иногда встречается в варианте Корочун — это уже результат обратного сближения с мифологическим образом, а не исходная форма. В XIX веке носители фамилии Коротун числились в основном среди крестьян и казаков Черниговской, Полтавской и Харьковской губерний, что подтверждает её украинские корни.