Фамилия Кортунова — женская форма от Кортунов, и её происхождение упирается в прозвище, которое получил предок-мужчина. Основа фамилии — слово «кортун» или «кортан». В русских говорах, особенно северных и пермских, «кортан» означало «пень», «коряга», а в переносном смысле — коренастого, плотного человека. Закрепилось такое прозвище за человеком крепкого телосложения, невысокого роста, «сбитого» — как пень.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «кортать» — «укорачивать», «резать». В этом случае прозвище Кортун мог получить портной или сапожник, который работал с кроем, или же человек с какой-то физической особенностью, например, с укороченной конечностью.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Кортунов — сын Кортуна. Фамилия встречается в основном на северо-востоке европейской части России, в Вятской и Пермской губерниях, что подтверждает её связь с северными говорами. Встречается и вариант Кортанов — с тем же корнем, но с другим чередованием гласных.

Таким образом, Кортуновы ведут свой род от человека, которого в деревне прозвали за коренастость или за ремесло — Кортуном. Это прозвище, как и многие другие, со временем забылось, но осталось в фамилии.