Фамилия Кортукова образована от мужского варианта Кортуков, а тот, в свою очередь, от прозвища или нецерковного имени Кортук. Основа здесь — «кортук», слово, которое в русских говорах имело несколько значений. В первую очередь, это «коротышка», «невысокий человек»: в диалектах «кортук» — синоним «короткого» (от общеславянского *kortъkъ). Прозвище могли дать человеку невысокого роста или тому, кто носил короткую одежду, — например, крестьянину, который по бедности не мог справить длинный кафтан. Вторая версия, менее распространенная, связывает фамилию с тюркскими корнями: в некоторых тюркских языках «корт» — «червь» или «насекомое», но такое толкование для русской фамилии маловероятно, так как слово «кортук» фиксируется именно в северно-русских и сибирских говорах.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединялся к основе, оканчивающейся на твердый согласный, и означал принадлежность («чей?» — сын Кортука). Фамилия Кортуков, а значит и Кортукова, относится к числу «патронимических» — по отцу или деду. Интересно, что суффикс -ук в основе (Корт-ук) указывает на уменьшительно-ласкательную форму имени или прозвища, что характерно для северных и уральских говоров. В отличие от более частых фамилий на -ов/-ев, эта форма с «-ук» встречается реже и может говорить о происхождении из районов, где были сильны украинские или белорусские влияния, хотя в данном случае это скорее местный русский диалектизм.

Географически фамилия Кортуковы встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, а также на Урале. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян Кортуковых в Поморье и на Вятке. Сословно предки носителей фамилии, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, реже — посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «народное» происхождение. В современной России фамилия остаётся довольно редкой, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска: каждый носитель может проследить свою линию до конкретного прозвища, данного предку за внешность или привычку.