Фамилия Кортуков образована от прозвища Кортук. Его основа — либо тюркское «корт» (волк), либо диалектное русское слово «кортук» — коротышка, человек невысокого роста. Вторая версия выглядит правдоподобнее: прозвища по внешности давали часто, а тюркские корни могли смешаться с местными говорами, но без чёткой географии бытования фамилии утверждать это сложно.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ или имён, оканчивающихся на твёрдый согласный. Первоначально Кортуков — «сын Кортука», то есть потомок человека с таким прозвищем. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, так как не встречается в родословных книгах древних родов.

В ономастических справочниках фамилия редкая. У Б. Унбегауна или В. Никонова она не упоминается, что говорит о её локальном распространении. Возможно, её носители сосредоточены в центральных или южных регионах России, где бытовало слово «кортук» в значении «короткий». Других версий, например, от имени Корнилий (сокращение Кортук), нет — это натяжка, так как уменьшительные формы от Корнилия — Корней, Корнюха, а не Кортук.

Из-за редкости фамилии её носители не оставили заметного следа в истории или культуре. Это рядовая фамилия, которая ценна именно своей локальной привязкой: она может рассказать о диалекте или прозвищной традиции конкретной местности.