Фамилия Кортюков — редкий случай, когда в основе могут лежать сразу несколько сильно различающихся корней, и выбор между ними зависит от того, где жили предки и в какой среде. Исходное прозвище Кортюк не имеет единого и очевидного значения, поэтому этимологу приходится рассматривать тюркскую, диалектную русскую и даже охранительную версии.

Самая неожиданная версия ведет в татарский язык, где слово «корт» означает «червь» или «личинка». В переносном смысле так могли назвать человека прижимистого, ведущего паразитический образ жизни — проще говоря, дармоеда. Однако татарское «көрт» переводится как «сугроб», и в этом случае прозвище мог получить ребенок, родившийся в метель или сильный снегопад. Такая привязка к обстоятельствам рождения встречается в народной традиции постоянно.

Русская версия не менее интересна. В псковских и других северо-западных говорах бытовал глагол «кортеть» с двумя значениями: «выжидать, притаившись» (отсюда «кортавый», то есть затаивший обиду) и «болеть, хворать». Если первое значение могло закрепиться за терпеливым или скрытным человеком, то второе прямо указывает на охранительную магию. Слабого, болезненного ребенка нарочно называли Кортюком — чтобы злые духи подумали, что он и так никуда не годится, и оставили его в покое. В этом случае имя давали с надеждой на обратный эффект: назвали хворым, а вырос здоровым.

Суффикс -юк характерен для украинских, белорусских и южнорусских прозвищ (сравните Костюк, Павлюк, Маслюк). Он уменьшительный или принадлежностный, то есть Кортюк — это «маленький Корт» или «сын Корта». Сама фамилия образовалась по стандартной восточнославянской модели: прозвище Кортюк → «чей сын?» Кортюков → «род Кортюковых».

Фамилия Кортюков встречается редко, и это говорит о том, что она не вышла за пределы узкого круга семей, возможно, в одном из регионов — на юге России, в Поволжье или в пограничных с Украиной землях. Точное место происхождения без генеалогических разысканий не установить, но сама многозначность основы делает эту фамилию интересным объектом для изучения: она могла родиться и в татарской среде, и в русской деревне, и на стыке двух культур.