Фамилия Корунин по своей словообразовательной модели — типичная русская фамилия на -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Корунин значит «сын Коруни» или «человек из рода Коруни». Исходное имя или прозвище Коруня — вот что стоит разобрать.

Самая прямая версия: Коруня — это производная форма от крестильного имени Корнилий (в народном произношении чаще Корней). В русских говорах имя Корней легко превращалось в ласкательные и обиходные варианты: Корнюша, Корнюха, Корнуха. А Коруня — один из таких вариантов, где корень «корн-» упростился до «кор-», а суффикс «-ун-» придал имени оттенок просторечной ласки. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин вообще преобладают над фамилиями на -ов.

Менее вероятная, но возможная версия отталкивается от нецерковного прозвища. В диалектах слово «корун» или «коруня» могло означать человека с каким-то заметным изъяном или особенностью (например, от «корявый» — неровный, шероховатый, кривой). Однако документального подтверждения такому прозвищу в ономастических источниках нет, и версия с именем Корней выглядит убедительнее.

Географически фамилия Корунин встречается рассеянно, но чаще всего в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — как раз в тех регионах, где любили усекать и перекраивать полные имена в короткие обиходные формы. Встречаются также написания Корунины (с ударением на второй слог) — это та же фамилия, просто вариант произношения.

Среди однокоренных фамилий — Корнеев, Корнилов, Корнюхин, Корнухов. Корунин стоит в этом ряду особняком: он короче, и в нём не сразу угадывается имя Корней, что делает фамилию менее очевидной для постороннего, но не менее древней по происхождению.