Фамилия Косакин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа Косак- плюс суффикс -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Косакин — это «сын Косака» или, шире, «человек из семьи Косака». Сама основа — прозвище или нецерковное имя Косак.

Корень здесь очевиден — «кос-», но толкований у прозвища Косак может быть несколько. Самое прямое: косак (или косок) — диалектное название человека, который косит, то есть крестьянина, занятого сенокосом. В говорах слово «косач» тоже означало косца. В таком случае родоначальник Косакиных мог быть хорошим косцом, либо его так прозвали за профессию.

Вторая версия связана с внешностью или характером: Косаком могли назвать человека с косым глазом (косоглазие), либо того, кто «косит» в переносном смысле — делает всё невпопад, не прямо. В русских говорах слово «косак» фиксировалось и как прозвище для нелюдимого, угрюмого человека. Этот вариант менее вероятен для фамилии, так как прозвища по физическому недостатку чаще давали в прямом значении, но исключать его нельзя.

Третий вариант, более специфический: Косак — это не прозвище, а форма имени или названия. В старых русских документах встречается личное имя Косак (например, крестьянин Косак в новгородских писцовых книгах XV века). Иногда так сокращали имя Константин, но это редкий случай. Также не стоит путать с тюркским «козак» (казак, вольный человек) — при написании через «с» версия отпадает.

Географически фамилия Косакин не привязана к одному региону, но чаще встречается в центральных областях России и в Поволжье. В документах XVII–XVIII веков Косакины упоминаются среди крестьян и посадских людей, то есть сословно это фамилия недворянская, хотя отдельные ветви могли попасть в купечество или мещанство.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Косаков, Косаченко, Косачев — все они восходят к тому же прозвищу Косак, но образованы разными суффиксами. Косакин стоит в ряду «патронимических» фамилий на -ин, типичных для северных и центральных областей Руси, где -ин заменял -ов в именах на -а/-я.

Таким образом, Косакин — это фамилия, скорее всего, от прозвища крестьянина-косца, реже — от личного имени Косак. Она не редкая, но и не массовая, и её носитель с высокой вероятностью имеет предка-земледельца из центральной России.