Фамилия Косакян — армянская по происхождению, и её разумнее всего рассматривать в контексте армянской ономастической традиции, а не славянской. Армянские фамилии строятся по другой модели: они не имеют суффиксов -ов/-ев, -ин, -ский, характерных для русских. В основе Косакян лежит типичный армянский патронимический суффикс -ян (в старой орфографии -янц), означающий «из рода такого-то» или «принадлежащий к». То есть Косакян — буквально «из рода Косака» или «сын Косака».

Корень «Косак» — это, скорее всего, прозвище или личное имя, образованное от слова «косак» (арм. «կոսակ»). В армянском языке «косак» имеет несколько значений, но самое распространённое — «пастух», «пастушок», особенно тот, кто пасёт мелкий рогатый скот (овец, коз). Вторая, менее вероятная, но возможная версия — от тюркского «казак» (в значении «вольный человек», «наездник»), которое через посредничество могло перейти в армянскую среду. Однако для Армении, где скотоводство было традиционным занятием, версия с пастухом выглядит более правдоподобной: предок носителя фамилии мог быть пастухом, и это занятие закрепилось за его потомками как родовое имя.

Географически фамилия Косакян чаще всего встречается в Западной Армении (исторические области, ныне в Турции) и среди потомков западных армян, рассеянных после геноцида 1915 года. В Армении и диаспоре (Россия, США, Ливан, Сирия) фамилия нередкая, но не массовая. Интересно, что в русском языке фамилию иногда путают с похожей по звучанию Косак (без суффикса), но именно -ян однозначно указывает на армянское происхождение. Если бы фамилия была славянской, она звучала бы как Косаков или Косакин, но таких форм в русских фамилиях практически нет.

Таким образом, Косакян — это фамилия-профессия: предки её носителей, по всей видимости, были пастухами, что для горных регионов Армении — занятие почётное и древнее.