Фамилия Кощенко — один из примеров того, как за привычным сказочным образом стоит более сложная и прозаичная история. Вопреки интуитивной связи со знаменитым персонажем, её основа — прозвище Кощей, а оно, в свою очередь, восходит к слову «кость». В древнерусском языке так могли назвать человека за худобу, долговязость или болезненный вид — «кожа да кости».

Однако это лишь один из слоёв значения. В старину прозвище Кощей (с возможным чередованием о/а в разных говорах) несли и люди совершенно иного склада. Им награждали скупца, скрягу или ростовщика, «корпящего над своей казной» — здесь уже просвечивает бытовой, а не сказочный смысл. Ещё любопытнее, что в древнерусском языке «кащей» означало «слуга», «раб», «прислужник». То есть прозвище могло указывать на социальное положение или род занятий.

Фамилия образована по стандартной для украинской и южнорусской традиции модели: к основе Кощ- добавился типичный суффикс -енко, означавший в XVI–XVII веках «сын» или «потомок». Таким образом, Кощенко — буквально «сын Кощея». Со временем прозвище, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его и в быту, и в документах. Сравните с однокоренными фамилиями: Кощеев (с более северным суффиксом -ев) или Кащенко (с акающим произношением). Форма на -енко указывает, что корни семьи, скорее всего, лежат на территории современной Украины или в южных областях России.