Фамилия Кошубаев — наглядный пример того, как тюркское прозвище, пройдя через русскую модель оформления фамилий, закрепилось на южных рубежах России. Первое, что бросается в глаза, — характерный суффикс -ев, указывающий на происхождение от отца: Кошубаев буквально означает «сын Кошубая». Основа здесь — мужское имя Кошубай, которое в свою очередь сложилось из двух тюркских компонентов.

Слово «кош» в тюркских языках многозначно. Самое вероятное значение в данном контексте — «кочевье», «стоянка», «временное жильё» или «шалаш». Вторая часть — «бай» — общеизвестный титул «богач», «господин», «хозяин». Таким образом, имя Кошубай, скорее всего, означало «хозяин кочевья» или «богатый кочевник». Менее распространённая версия связывает «кош» с глаголом «кошу» (прибавлять, соединять), тогда имя можно истолковать как «приумножающий богатство». Первая трактовка выглядит предпочтительнее, так как бытовая, «географическая» основа характерна для многих тюркских имён-прозвищ.

Судя по окончанию -ев, фамилия оформлялась в русской среде, но её носители, вероятно, происходят из казахов, ногайцев или башкир — народов, у которых имя Кошубай встречается чаще всего. Встречается вариант написания Кошубаев и у чеченцев, что объясняется долгими контактами с тюркским миром.

С точки зрения словообразования, фамилия Кошубаев примечательна тем, что её основа — чисто тюркское двусоставное имя, а не прозвище от ремесла или внешности. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был человеком заметным, возможно, главой рода или зажиточным скотоводом, чьё личное имя закрепилось за потомками. Фамилия не получила широкого распространения за пределами южноуральских и поволжских регионов, что делает её географически локализованной и интересной для изучения местной ономастики.