Фамилия Костишен — редкий пример того, как русская фамилия образовалась не по самому ходовому, но вполне закономерному словообразовательному пути. В её основе лежит имя Костя (уменьшительное от Константин), а суффикс -ен- указывает на принадлежность: буквально «чей?» — Костин. Но вместо привычного окончания -ин мы видим -шен. Это не опечатка и не искажение, а результат исторических фонетических процессов.

Дело в том, что суффикс -ин после мягких согласных (в данном случае после [с’] в основе «Кость-») в некоторых говорах и при определённом стечении обстоятельств мог переходить в -шен. Точнее, исходная форма была Костин, но в диалектах, где цокали или смягчали шипящие, а также под влиянием украинского или белорусского языка, где суффикс -ен часто даёт -енко или -ёнок, форма Костин могла переосмыслиться и получить добавочный элемент. Однако вероятнее всего, что Костишен — это вариант фамилии Костин, записанный на слух в местности, где «ш» звучало вместо «с» (шепелявенье) или где суффикс -ин после мягкого согласного давал -шен (сравните: «княгиня» — «княгишен» в некоторых старых документах).

Морфологически фамилия состоит из корня КОСТ- (от имени Костя), суффикса -ИШ- (уменьшительно-ласкательного, как в «котишко», но здесь он, скорее, часть прозвищной основы) и окончания -ЕН. Впрочем, более строгий разбор: основа «Костиш-» (где «иш» — суффикс пренебрежительности или просто вариант основы от Костиша, Костишка) плюс суффикс притяжательности -ен. То есть Костишен — «сын Костиша» или «принадлежащий Костише». Прозвище Костиша мог получить человек маленького роста или с костистым телосложением, либо же это была просто ласковая форма имени Костя.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где фамилии на -ен встречаются чаще (сравните: Грищенко, Даниленко, но Костишен — это уже русифицированная форма, без окончания -ко). Встречается она и в Беларуси. В центральной России такая форма — большая редкость: там закрепился вариант Костин.

Таким образом, Костишен — это не «испорченная» фамилия, а живое свидетельство диалектного разнообразия русского языка. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а сама фамилия возникла не в канцелярии, а в устной речи, где «Костин» превратилось в «Костишен» из-за местного произношения.