Фамилия Котеничев образована по одной из двух моделей, и обе ведут к прозвищу Котень. Скорее всего, перед нами русская переделка украинской фамилии Котенич: суффикс -ич, типичный для западных и южных земель, заменили на русский -ев, добавив к нему фамильный суффикс. Вторая версия — отчество второго порядка: Котеничев значит «внук Котеня», а его отец был Котенич. В любом случае основа одна — прозвище Котень.

Котень — это напрямую украинское «котеня», то есть котёнок. В древнерусской традиции человека нередко называли по названию животного, и такое имя-оберег давали ребенку, чтобы отвести злые силы или подчеркнуть мягкость, ласку. Именование Котень могло быть как мирским (нецерковным) именем, так и прозвищем, которое со временем закрепилось за родом.

Интересно, что в фамилии Котеничев сохранился редкий для русских фамилий суффикс -ичев. Обычно отчества второго порядка образуются с помощью -ович/-евич (Петрович → Петровичев), но здесь основа Котень дала форму Котенич, а от неё — Котеничев. Такая цепочка встречается нечасто и указывает на то, что предки, возможно, жили на стыке русских и украинских земель, где смешивались языковые и ономастические традиции.