Фамилия Котко — одна из тех, где на первый взгляд всё просто, но при ближайшем рассмотрении открывается несколько равноправных версий происхождения.

Самое очевидное объяснение — от прозвища или мирского имени Кот. В древнерусской традиции имя Кот было распространено: родители могли наречь им ребёнка, чтобы он перенял у животного ловкость, хитрость или живучесть. Позже прозвище Кот закреплялось за человеком, который чем-то напоминал кота — повадками, внешностью или характером. Уже в XV веке встречаются документальные подтверждения: «Кулик Коток, крестьянин Семеновского погоста, 1495»; «Котко, крестьянин, конец XV в., Новгород» (из работ Веселовского). В XVI–XVII веках фамилия фиксируется в разных сословиях — от холопов до дворян: Федор Микулич Котко, дворянин короля Литовского (1541), и Иван Котков, московский купец (1584).

Но есть и другая, менее очевидная версия. Форма Котко могла возникнуть как уменьшительная от крестильного имени Константин (в переводе с греческого — «стойкий, постоянный»). В народной речи Константин нередко сокращался до Кости, Коти, а в некоторых говорах — до Котко. Такая модель образования фамилий от канонических имён через усечение и добавление суффикса -ко типична для украинских, белорусских и южнорусских земель. Подтверждение этому — запись 1638 года: «Иван Котко, крестьянин минский».

Суффикс -ко в фамилии — характерный признак западнорусской и украинской ономастики. Он не просто указывает на принадлежность, а часто передаёт значение «маленький» или «сын такого-то». В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, модель на -ко реже встречается в центральных и северных областях России и плотнее сосредоточена на территории бывшего Великого княжества Литовского.

Таким образом, фамилия Котко могла родиться и в крестьянской новгородской среде (как прозвище от животного), и в среде литовско-русского дворянства (как производная от Константина). Обе версии подкреплены историческими документами, и выбрать одну без дополнительных генеалогических изысканий сложно.