Фамилия Котора редкая и звучит не по-русски. Её происхождение вызывает споры, но самая вероятная версия — топонимическая, то есть образованная от названия места.

Слово «Котора» — это один из вариантов названия города Котор в Черногории (итальянское Cattaro, славянское Котор). В русских документах XVII–XIX веков эта форма встречалась: «из Котора», «которец». Фамилию могли дать выходцу оттуда — купцу, моряку или переселенцу, которого в документах записывали как «Котора» (по месту прежнего жительства). В пользу этой версии говорит и то, что фамилия не имеет типичных русских суффиксов -ов/-ев, -ин, что характерно для прозвищ, данных по географическому названию в краткой форме.

Вторая, менее вероятная гипотеза — связь с литовским «katė» (кошка) или диалектным «котора» (ссора, распря). Но для таких основ в русском языке обычно образовывались фамилии с суффиксами: Котов, Которов, Которкин. Форма без суффикса — Котора — встречается редко и скорее указывает на иноязычное происхождение.

География фамилии тоже подсказывает: Котора встречается в основном на юге России и Украине, в причерноморских регионах, где исторически селились выходцы с Балкан и Средиземноморья. В старых метрических книгах Одессы и Херсона изредка попадаются записи о мещанах и купцах с такой фамилией.

Таким образом, предок носителя фамилии Котора, скорее всего, не был крестьянином или ремесленником с типичным русским прозвищем, а происходил из балканского региона и получил фамилию по названию родного города. Это редкий случай, когда фамилия — почти что географическая карта.