Фамилия Котря — редкий случай, когда проще сразу сказать, чего в ней нет, чем гадать. В ней нет ни типичного русского суффикса -ов, ни украинского -енко, ни польского -ский. Это короткая, «голая» основа, которая не склоняется по падежам как типичная славянская фамилия. Именно форма без суффикса — главная подсказка: перед нами, скорее всего, не великорусская, а южнославянская или западнославянская фамилия, либо прозвище, застывшее в именительном падеже.

Самая вероятная версия — происхождение от прозвища Котря. В южнославянских языках (сербском, болгарском, македонском) слово «котря» или «котра» могло означать нечто лохматое, косматое, взъерошенное. Сравните с болгарским «котрам» — «лохматить, взбивать». Такое прозвище могли дать человеку с непослушными волосами, либо неряшливому, либо, наоборот, с пышной шевелюрой. В русском языке однокоренное «кошма» (войлок) и «кошлатый» (лохматый) — связь семантики «лохматости» и «сбитости» прослеживается.

Вторая, менее очевидная версия — связь с румынским словом «cotră» — «сундук, ларь, ящик». В Молдове и на Буковине, где славянские и романские языки веками перемешивались, такое прозвище мог получить сундучник, плотник, либо просто запасливый человек, который «как сундук» ничего не отдавал. Эта версия объясняет и географию: фамилия Котря встречается в Молдове, в Одесской области Украины и на юге России — как раз в зоне исторического контакта славян и романцев.

Словообразовательная модель проста: у фамилии нет форманта, она образована напрямую от прозвища. Если бы предок был русским крестьянином, фамилия почти наверняка получила бы суффикс -ин или -ов (Котрин, Котрев). Отсутствие суффикса — признак того, что фамилия либо была записана в документах «как есть» (по прозвищу), либо пришла из традиции, где фамилии не русифицировали. В любом случае, носитель фамилии Котря может быть уверен: его предок выделялся внешностью или характером настолько, что одно слово заменяло целое описание.