Фамилия Котыховы образована от прозвища Котых, а оно, в свою очередь, восходит к диалектному слову «котух». В говорах так называли хлев для мелкой скотины, плетневый загон или свинарник. С этим связана первая, самая вероятная версия происхождения: прозвище Котых дали человеку, который разводил свиней или ухаживал за домашним скотом. То есть это было профессиональное именование, указывающее на род занятий основателя рода.

Но у слова «котух» есть и второе, переносное значение: шалаш, конура, грязное жильё. Поэтому Котыхом могли прозвать нечистоплотного человека или того, кто ютился в тесной, тёмной комнатушке. Какое именно значение легло в основу конкретной фамилии — сейчас сказать трудно, оба варианта возможны.

Сама фамилия Котыховы — типичный пример славянской модели на -ов. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Котыхов, то есть сын или потомок Коты́ха. Ударение в исходном прозвище, скорее всего, падало на второй слог: Котых. Сравните с однокоренными фамилиями: Котухов, Котуховы — они образованы от той же основы «котух», но с другим суффиксальным оформлением. Разница в суффиксе (-ых вместо -ов) говорит о том, что Котыховы могли сложиться в северных или центральных русских говорах, где притяжательные прилагательные часто застывали в форме родительного падежа множественного числа.

Точное время и место возникновения фамилии установить без генеалогических изысканий невозможно. Процесс формирования фамилий был долгим и не привязан к одной местности. Однако ясно, что Котыховы — это не дворянский род с гербом, а фамилия, выросшая из бытового прозвища. Она цепляет за собой пласт народной лексики, связанной с крестьянским хозяйством и укладом жизни.