Фамилия Ковинацкий — редкий случай, когда географический фактор почти наверняка перевешивает все остальные. В отличие от тысяч русских фамилий на -ский, которые образованы от названий сёл или имений (Троицкий, Знаменский), Ковинацкий не имеет очевидной славянской топонимической основы. Ни в одном из доступных источников по русской ономастике нет села или урочища «Ковина» или «Ковино», которое дало бы такую фамилию.

Ключ к разгадке — польский суффикс -цкий (-cki) и корень «ковин-». В польской ономастике фамилии, оканчивающиеся на -цкий, часто указывают на место происхождения: владелец или житель местности, название которой заканчивалось на -ице (-ice). Если реконструировать исходное название, то это могло быть село типа *Ковинице (Kowinice). Однако более вероятно, что фамилия образована от прозвища или профессии, связанной с ковкой. Польское «kowal» — кузнец, а «kowina» — кузница или железная руда. Форма Ковинацкий могла означать «тот, кто из кузницы» или «сын кузнеца», где суффикс -цкий добавил шляхетский оттенок, характерный для польской мелкой знати (шляхты застянковой), которая часто брала фамилии по своему ремеслу или месту жительства.

Вторая версия, менее правдоподобная, но имеющая право на существование, — связь с личным именем. В древнерусском языке было редкое имя Кова (от «ковать»), но без уменьшительного суффикса оно почти не встречается. Фамилия Ковинацкий могла возникнуть как патроним от прозвища Ковин (сын Ковы) с последующей полонизацией суффикса. Но в таком случае мы бы ожидали форму Ковинский, а не Ковинацкий. Разница в суффиксе (-ец- вместо -ин-) указывает именно на польскую модель образования от названия места.

Таким образом, носители фамилии Ковинацкий — это почти наверняка потомки польской или белорусской шляхты, переселившейся на территорию Российской империи после разделов Речи Посполитой. Фамилия сохранила архаичную польскую орфографию и не была русифицирована заменой -цкий на -ский. Встретить её можно в западных областях России, Беларуси и Украины, а также среди потомков эмигрантов.