Фамилия Ковнацкий образована от названия города Ковна. Ковной раньше назывался крупный литовский город Каунас. Название Ковна восходит к балтийскому корню, означающему «низкое, топкое, болотистое место». Очевидно, прозвище Ковнацкий получил выходец из этого города. Суффикс –цкий указывает на польское происхождение фамилии Ковнацкий. Связь поляков с литовцами имеет долгую историю и не должна удивлять. Так, в 1919 году Каунас был одним из наиболее полонизированных городов Литвы: поляки составляли 42% населения города.