Фамилия Ковнацкая образована от названия города Ковна — так в прошлом называли литовский Каунас. Само слово «Ковна» восходит к балтийскому корню, который означает «низкое, топкое, болотистое место». Прозвище Ковнацкий, скорее всего, получил человек, который переехал из этого города. Каунас — один из древнейших литовских городов, основанный около 1030 года. В письменных источниках он впервые упомянут польскими историками в 1280 году.

Город имел стратегическое значение, из-за него шла борьба между Литвой и крестоносцами, и Ковна не раз переходила из рук в руки. Суффикс -цкий (-цкая) в фамилии указывает на её польское происхождение. Связь поляков с литовцами имеет долгую историю: например, в 1919 году поляки составляли 42% населения Каунаса, и город был одним из самых полонизированных в Литве. Поэтому выходец из Ковны мог получить именно такую фамилию — по месту прежнего жительства.

Фамилия Ковнацкая — женская форма. Мужской вариант — Ковнацкий. Она встречается реже, чем распространённые фамилии на -ов или -ин, что неудивительно: географические прозвища с суффиксом -цкий чаще давали не крестьянам, а шляхте или горожанам, имевшим отношение к конкретному месту. В польской ономастике такие фамилии (от названий городов) — обычное дело, и Ковнацкий здесь стоит в одном ряду с Варшавским, Краковским или Виленским.