Фамилия Ковтунець — украинская, и её разговор лучше начать с суффикса, потому что именно он выдает происхождение. Формант -ець (-ец) в украинской ономастике часто указывает на принадлежность к месту или роду занятий, а иногда и на уменьшительность. В данном случае Ковтунець — это, скорее всего, «сын Ковтуна» или «маленький Ковтун». То есть перед нами патронимическая (по отцу) или, реже, уменьшительная форма от прозвища Ковтун.

Основа фамилии — слово «ковтун». В украинском и белорусском языках ковтун — это колтун, свалявшийся комок волос. Но не спешите думать, что предок ходил лохматым. В народной культуре ковтун мог быть не просто болезнью или неопрятностью, а особым состоянием: иногда его считали даже «божьей отметиной», а в некоторых регионах — следствием порчи или проклятия. Прозвище Ковтун могли дать человеку с заметной, торчащей прядью волос, которую не расчесывали, или тому, кто лечил такие колтуны (народному знахарю). Есть и бытовая версия: так могли называть упрямого, «колтунного» человека, с которым трудно договориться.

География фамилии Ковтунець почти целиком привязана к центральной и западной Украине: чаще всего она встречается в Черкасской, Киевской, Винницкой и Хмельницкой областях. Это не случайно — суффикс -ець (в отличие от русского -ов/-ев) типичен именно для украинской модели образования фамилий от прозвищ. В русской среде однокоренная фамилия звучала бы как Ковтунов, а в белорусской — Ковтун (без суффикса) или Ковтунович.

Споров вокруг происхождения почти нет. Единственная слабая альтернативная версия — связь с польским «kotwun» (якорь), но она лингвистически неправдоподобна: в украинском языке «ковтун» — исконное слово с прозрачной славянской этимологией (от «ковтати» — глотать, путать). Так что с высокой вероятностью предок носителя фамилии Ковтунець получил своё прозвище из-за заметной особенности внешности или характера. Фамилия не элитарная, не княжеская — она из крестьянской или казацкой среды, где прозвища давали метко и без затей.