Фамилия Ковыршын — редкий случай, когда написание с буквой «ы» после шипящего не ошибка, а сознательная фиксация живого произношения. В русской традиции фамилии на -ин обычно пишутся через «и» (Ковыршин), но вариант с «ы» встречается в документах и переписях, особенно на юге России и в Поволжье, где аканье и цоканье смешивались с местными говорами. Поэтому Ковыршын — это та же фамилия, что и Ковыршин, но записанная так, как её слышали писарь или сам носитель.

Основа фамилии — прозвище Ковырь или Ковыра. В говорах «ковырять» означало не только «делать углубление», но и «медленно, кропотливо работать», «возиться с мелочами». Человек, которого прозвали Ковыршей, мог быть мастеровым — сапожником, портным, резчиком по дереву, — то есть тем, кто постоянно «ковыряет» материал. Менее вероятно, но возможно, что прозвище дали за привычку ковыряться в земле: огороднику или землекопу.

Суффикс -ын (фонетический вариант -ин) указывает на принадлежность: «чей?» — Ковыршын, то есть сын или потомок Ковырши. Модель типична для северорусских и среднерусских фамилий, где притяжательная форма на -ин широко распространена. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от названий профессий и животных, фамилии на -ин чаще связаны с личными прозвищами и именами, оканчивающимися на -а/-я.

Сравнение с однокоренными фамилиями Ковырзин, Ковыряев, Ковырялин показывает, что все они восходят к одному гнезду, но разошлись по разным суффиксальным моделям. Ковыршын — самая редкая из них, что говорит о локальном бытовании. Встретить её можно в Воронежской, Ростовской областях и в Ставропольском крае, где оседали переселенцы из центральных губерний. Сословного барьера у фамилии не было: Ковыршиными могли быть и крестьяне, и мещане — прозвище не несло уничижительного оттенка и не указывало на высокий статус.