Фамилия Ковырцов — наглядный пример того, как русская фамилия может родиться из живого, почти осязаемого действия. Её основа — глагол «ковырять» и его производные: «ковыряться», «ковыряло». В старину это слово имело широкий спектр значений — от буквального «делать углубление, рыть» до переносного «медленно, кропотливо работать» или даже «возиться с чем-то неподатливым». Прозвище Ковырец, от которого и пошла фамилия, могли дать человеку с неуемным, дотошным характером, который любил вникать в мелочи, или же мастеру, занятому тонкой, «ковырятельной» работой — например, резчику по дереву, сапожнику, чеканщику.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русского севера и центра. Суффикс -ец в основе Ковырец указывал на лицо, характеризуемое по действию (ср. Кузнец, Ткач, но здесь — по глаголу). Затем к прозвищу Ковырец добавился патронимический суффикс -ов, превративший его в фамилию: «чей сын?» — Ковырцов. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Ковырцо́в, хотя в разных говорах могло смещаться.

Интересно, что фамилия Ковырцов встречается заметно реже, чем однокоренные Ковырин, Ковырев или Ковырзин. Это говорит о том, что её носители происходят из довольно узкого ареала, где прозвище Ковырец было в ходу. По данным исторических документов, фамилия фиксируется в основном в бывших Пермской и Вятской губерниях, а также на Урале — регионах, где было развито кустарное ремесло. Ковырцов мог быть не просто «копуном», а конкретным мастеровым: в уральских говорах «ковырять» означало также «долбить, выдалбливать», так что предок мог быть бондарем или плотником, делавшим деревянную посуду.

Есть и более прозаичная версия: в некоторых диалектах «ковырцом» называли не человека, а небольшой инструмент — что-то вроде кочерги или палки для размешивания. Однако эта гипотеза менее убедительна: прозвища по инструменту обычно давались по принципу метонимии («человек, работающий этим предметом»), но тогда в основе была бы форма «Ковыра» или «Ковырка», а не «Ковырец». Так что происхождение от личного прозвища по характеру или роду занятий остаётся основным.