Фамилия Ковырулин — хороший пример того, как за основу берётся не имя, а прозвище, причём очень конкретное, бытовое. В её основе лежит глагол «ковырять» или однокоренное «ковыруля». В русских говорах «ковыруля» — это не просто ямка или неровность на дороге, а нечто, что заставляет споткнуться, или же сам процесс ковыряния. Человек мог получить такое прозвище за привычку ковырять что-то в руках, за неаккуратную, «ковыряющую» работу, или за то, что постоянно рылся, «ковырялся» в земле, будучи, например, землекопом или сапожником (сапожники ковыряли шилом). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «Ковырулин» означает «сын Ковырули», то есть потомок человека с этим прозвищем.

Модель образования типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как и на -ов. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Ковырулин сразу говорит о характере или занятии предка. Интересно, что слово «ковырулин» могло существовать и как самостоятельное нарицательное — так в некоторых диалектах называли человека с беспокойным, «ковыряющим» характером, который постоянно вмешивается не в свои дела. Фамилия редкая, и это делает её особенно ценной для генеалогии: чем реже фамилия, тем уже круг её носителей и тем выше шанс, что все Ковырулины — родственники, происходящие из одной местности. Географически фамилия тяготеет к Вятке и Поволжью, где такие «деятельные» прозвища были в ходу.