Фамилия Ковырушин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с характером или привычкой человека, а не с профессией или местом жительства. Корень здесь — «ковыр-», от глагола «ковырять» (в старых говорах — «ковырять», «ковырухать»). В русских диалектах «ковыруша» — это либо непоседа, егоза, человек, который любит копаться, возиться с мелочами, либо тот, кто постоянно «ковыряет» других — придирается, задирается, язвит. Прозвище давали не за ремесло, а за манеру поведения: суетливого, дотошного или въедливого человека.

Суффикс «-ин» указывает на типичную восточнославянскую модель образования: «чей?» — сын или потомок Ковыруши. То есть фамилия — отчество второго порядка, закрепившееся в XV–XVII веках, когда прозвища начали передаваться по наследству. Географически фамилия тяготеет к северо-восточным и центральным областям России — Вологодчине, Костромской и Нижегородской губерниям, где диалектное слово «ковыруша» было в ходу. На юге и западе её почти не встретить.

Интересная деталь: в некоторых говорах «ковыруша» означала не только человека, но и зазубрину, щербинку на инструменте или даже небольшую ямку в земле. Однако для прозвища это значение маловероятно — фамилии от названий предметов образуются по-другому. Поэтому основная версия — поведенческая. Споров среди ономастов по этой фамилии нет: Унбегаун и Никонов сходятся на том, что это «прозвищная» фамилия от глагольной основы.

Встречается вариант написания «Ковырушин» с ударением на второй слог, хотя в некоторых семьях могут произносить и на третий. Двойников с другим суффиксом (вроде Ковырушев) практически не зафиксировано — это говорит о локальном бытовании и устойчивой форме. Если ваш предок носил эту фамилию, он, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком из северных или центральных уездов России, а прозвище досталось ему за живой, беспокойный нрав или привычку дотошно вникать в каждую мелочь.